计算等位基因频率有两种方式，第一种用vcftool计算：

/path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq

　　很简单的一个命令行，file.vcf指的是你要输入的vcf文件，--freq表示计算等位基因频率，--chr后面的1表示你要计算的区域在1号染色体，当然，你也可以选择你想计算的染色体区域，filefreq指的是输出的文件名。

结果如下图所示：

第二种用plink计算：

/path/to/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --freq --out filefrquency

　　效果如下图所示：

 

.frq (basic allele frequency report)

Produced by . Valid input for .

A text file with a header line, and then one line per variant with the following six fields:

CHR	Chromosome code
SNP	Variant identifier
A1	Allele 1 (usually minor)
A2	Allele 2 (usually major)
MAF	Allele 1 frequency
NCHROBS	Number of allele observations